随着我国农业逐步走向现代化，食用菌工厂化的发展已经成为农业现代化具有代表性产业之一。食用菌是微生物农产品，它与其他生物食品有许多共性，同时由于品种不同也有自己的特点，我们既要了解它们之间的共性，同时也必须掌握它们各自的特性。食用菌工厂化是依靠科技进步而形成的高新技术的现代农业产业，它集生物科学、工程技术、自动控制、电子技术与机械设备于一体，在一定的人工环境调节控制下，进行集约化、规模化、设施化、自动化生产的新兴产业。由于我国食用菌工厂化生产起步较晚，品种众多、规模产量大、幅员辽阔环境差异等，致使我国工厂化食用菌生产当前还存在一些问题：
1、技术力量不足，食用菌工厂化生产涉及多学科、多领域和多部门，管理人才缺失，重产量、轻科研投入，重效益、轻人才培养，重经验，轻学识等。人员素质亟待提高，管理和运行机制缺乏创新，缺少信息渠道，适应市场的应变能力低，竞争力差。
2、管理机构不明晰，食用菌曾经只是作为我国大农业中经济作物的一个小品类，目前我国除了福建省古田县、浙江省庆元县、河北省平泉县、辽宁省岫岩县四个主产区有专门的食用菌产业管理局外，一小部分地区为供销社、科技局、农办、农业局等下设食用菌办公室作为主管或服务机构，绝大多数地区都没有管理部门，目前法律上尚无统一的管理和协调机构，在宏观上缺少统筹规划和合理布局的研究，较少考虑资源的合理配置，盲目引进与推广，造成好多项目不接地气，社会化的生产和服务体系不完善造成无法可持续发展。
3、设计与施工及装备供应商服务商良莠不齐，有的设计施工与装备企业懂得一些毛坯的金针菇、杏鲍菇等食用菌品种或者品名，不知道食用菌的特性与生长习性，就开始忽悠企业客户与地方政府，扩大投入与产出的效益比，有的为了眼前利益套取国家政策补贴把与食用菌风马牛不相及的产业也给与食用菌工厂化生产结合套上，隐瞒真相，给工厂化企业与地方政府在财力、物力、人力等造成巨大的损失。
4、品种与区域矛盾，盲目投入；不考虑区域的地理环境与品种的适应性，如在温差小的地区推广种植香菇、在干燥的地区推广栽培猴头菇，在北方低温气候地区推广种植高温品种、在没有木材资源的地区推广木腐菌，在非靠近大都市周边的偏远地区推广种植草菇等。
5、绝大多数品种目前科技力量无法满足工厂化生产，由于食用菌品种的采摘批次特性，品种智能环境的适应性等，绝大多数的食用菌品种，在目前的科技条件下还不能完全解决周年化工厂化生产，如香菇、猴头菇、茶树菇、黑木耳等。但是有的服务商瞎指挥乱指导及生产企业盲目投产，给企业与地方政府造成巨大的负担与损失。
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